Base de coneixements

Tasca 3 – Caracterització dels aïllaments obtinguts i identificació amb les especies fúngiques requerides

Per tal de determinar, de manera inequívoca, que els cultius purs obtinguts en els aïllaments corresponen als exemplars recol·lectats a camp, i identificats com a pertanyents a les espècies llistades en la Taula 1, i que no son contaminants aleatoris, es procedirà a la seva caracterització mitjançant mètodes basats en l’anàlisi d’ADN.

Per això, s’obtindrà una mostra de cada esporocarp (bolet) utilitzat en els aïllaments i es farà una extracció d’ADN emprant DNeasy® Plant Mini Kit de QIAGEN. L’ADN obtingut es conservarà a -20ºC fins a la seva utilització. A partir del miceli crescut en medi de cultiu en cada un dels aïllaments obtinguts, es farà també una extracció d’ADN seguint la mateixa metodologia.

L’ADN obtingut en cada mostra s’amplificarà per PCR utilitzant encebadors (primers) universals: ITS1F i ITS4. Aquest primers amplifiquen les regions que codifiquen l’ARN ribosomal (rRNA). Les extraccions d’ADN i les amplificacions per PCR es duran a terme a l’IRTA.

Les amplificacions obtingudes (amplicons) es seqüenciaran en els serveis cientifico-tècnics de la UB i les seqüencies es compararan, entre si, i amb les dipositades en la base de dades UNITE. La similitud de seqüencies permetrà corroborar l’espècie fúngica, confirmar la correspondència entre el miceli obtingut i el bolet d’origen, i descartar contaminants no detectats anteriorment.